Berdasarkan SK dari Direktorat Jendral Pembinaan Kelembagaan Agama Islam, Nomor : Kep/E/PP.03/2/69/85 tanggal 12 Maret 1985. Maka berdirilah secara resmi MAN Gondanglegi dengan nama MAN Malang II Filial Banjarejo Gondanglegi. Adapun yang pertama kali menjabat sebagai Plh Kepala MAN Malang II Filial Batu di Banjarejo adalah Drs. K.H. Mursyid Alifi.
Pada bulan Juli 1991, MAN Filial II pindah dari Banjarejo ke Putat lor Gondanglegi. Sebelum gedung MAN dibangun untuk sementara menempati gedung milik Fakultas Syari’ah UNISMA Gondanglegi (Sekarang STAI Al Qolam) sebagai ruang belajar dan gedung MTs. Al-Hamidiyah sebagai ruang kantor dengan pertimbangan tanah waqof calon lokasi gedung MAN Gondanglegi terletak bersebelahan dengan kedua gedung tersebut. Pada saat Drs. K.H. Mursyid Alifi mengalami jatuh sakit tahun 1990 dan wafat pada tahun 1991, kedudukan Plh Kepala MAN Filial dipegang oleh Pejabat Sementara (Pjs.) yaitu Drs. H. Sayid Abdur Rahman, dan pada tahun 1991 kedudukan Plh. Kepala MAN ini diserahkan kepada Drs. K.H. Abdul Majid Ridwan dari Malang.
Pada tahun 1995 berdasarkan SK dari Menteri Agama Republik Indonesia Nomor: 515.A/1995, tanggal 25 Nopember 1995 MAN Filial II resmi menjadi Madrasah Aliyah Negeri. Kepala MAN Gondanglegi yang pertama yaitu Drs. Ahmad Nurhadi.
Untuk pengembangan MAN Gondanglegi pada bulan Oktober 1996, keluarga H. ABDUL HAMID, Putat lor Gondanglegi memberi tanah waqaf lagi kepada MAN ini yang luasnya sekitar +7000 M2 jadi jumlah seluruh tanah waqaf milik MAN sekitar +10.000 M2.
Secara berturut-turut Kepala MAN Gondanglegi setelah penegerian sebagai berikut: pada periode 2001 s.d. 2006 dijabat oleh Bapak Drs. K.H. Misno Fadhol. Periode tahun 2006 s.d. 2009 dijabat Bapak Drs. H. Subakri, M.Ag. Periode 2009 s.d. 2014 kedudukan Kepala Madrasah dijabat kembali oleh Bapak Drs. H. Ahmad Nurhadi, M.Ag. Setelah menjabat selama 5 tahun maka pada tahun 2014 Bapak Ahmad Nurhadi sudah memasuki masa purna atau pensiun. Pada tanggal 4 September 2014 Kepala MAN Gondanglegi dijabat oleh Bapak Drs. Mohammad Husnan, M.Pd. Pada pertengahan bulan Desember, tepatnya tanggal 10 Desember 2016 MAN Gondanglegi memiliki kepala Madrasah baru yaitu Bapak Dr. Khairul Anam, M.Ag. Hingga saat ini MAN Gondanglegi telah berusia 32 tahun. Sejumlah prestasi akademik dan nonakademik berhasil diraih baik di tingkat Kabupaten, Malang Raya, Provinsi dan Nasional.
Sebagai lembaga pendidikan, MAN 1 Malang dituntut untuk tampil professional. Oleh karena itu pembenahan-pembenahan , perbaikan dan pembinaan terhadap semua komponen pendidikan di MAN 1 Malang mutlak diperlukan.
Upaya pembenahan, perbaikan dan pembinaan yang dilakukan secara terencana, terarah dan terpadu, maka pada tahun 2016 MAN 1 Malang memasukkan Program Live skill (Program Keterampilan)secara mandiri dalam mempersiapkan peserta didik baik untuk melanjutkan ke perguruan tinggi maupun untuk memasuki Dunia Usaha maupun Dunia Industri. Adapun Program Keterampilan yang diadakan adalah; Keterampilan Tata Busana ( Menjahit ). Meskipun harus menemui berbagai hambatan dan tantangan Program Ketrampilan tetap harus berjalan karena sudah menjadi ciri khas di MAN 1 Malang.