Program Sistem Kredit Semester selanjutnya disebut SKS di MAN 1 Malang merupakan bentuk penyelenggaraan pendidikan dimana para peserta didik menyepakati jumlah beban belajar yang diikuti dan/atau sebagai strategi belajar setiap semester pada satuan pendidikan sesuai dengan bakat, minat, dan kemampuan/kecepatan belajar mereka. SKS di MAN 1 Malang diselenggarakan melalui pengorganisasian pembelajaran bervariasi dan pengelolaan waktu belajar yang fleksibel dan dilakukan melalui penyediaan unit-unit pembelajaran utuh setiap mata pelajaran yang dapat diikuti oleh peserta didik. Unit pembelajaran utuh disebut juga dengan Unit Kegiatan Belajar Mandiri
(UKBM).
Unit Kegiatan Belajar merupakan satuan pelajaran yang kecil yang disusun secara berurutan dari yang mudah sampai ke yang sulit. Satuan pelajaran tersebut merupakan pelabelan penguasaan belajar peserta didik terhadap kompetensi pengetahuan dan keterampilan yang disusun menjadi unit-unit kegiatan belajar yang melibatkan satuan waktu belajar. UKBM tersebut memuat Kompetensi Inti (KI) dan Kompetensi Dasar(KD) serta strategi pembelajaran individual untuk mencapai ketuntasan beban belajar yang telah ditentukan. UKBM juga sebagai diharapkan memberikan dampak pengiring terbangunnya karakter yang dibutuhkan dalam kehidupan abad 21 seperti berpikir kritis, bertindak kreatif, bekerjasama,berkomunikasi.
SKS di MAN 1 Malang meliputi SKS program regular, SKS Percepatan, dan SKS Perbaikan. SKS program regular merupakan SKS dengan sistem penyampaian jumlah beban belajar sesuai dengan kredit semester jenjang pada umumnya, yakni 6 semester/3 tahun. SKS Program percepatan merupakan penyampaian jumlah beban belajar dalam kurun waktu lebih cepat dari umumnya dikarenakan siswa memiliki beberapa keunggulan yang relevan dan mendukung ketercapaian kompetensi, yang dalam hal ini siswa dapat menempuh semua beban belajar dalam waktu 2 tahun. Sedangkan SKS Perbaikan, adalah penyampaian beban belajar siswa yang ditempuhi dalam rangka memperbaiki nilai yang belum tuntas pada pembelajaran pada SKS regular.